Laboratoire de Physique et Chimie des Nano-objets

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Simulations de protéines membranaires : de la thermodynamique statistique vers la biologie.

Date : 25/03/2010 à 14:00

Titre : Simulations de protéines membranaires : de la thermodynamique statistique vers la biologie.

Intervenant : Jérôme Hénin

Provenance : LISM, CNRS and Aix-Marseille Université, Marseille, France

Salle : 221

Résumé: L’objectif principal des simulations de systèmes biologiques est de construire, à partir de nos modèles moléculaires, des outils prédictifs, c’est-à-dire fournissant des données statistiquement comparables aux mesures expérimentales. Les assemblages de macromolécules biologiques présentent de ce point de vue des difficultés majeures : on a affaire à des modèles de dimension élevée, aux paysages énergétiques hautement frustrés. Même la comparaison avec les mesures expérimentales est souvent rendue difficile par l’imprécision de ces dernières. Je présenterai quelques outils utiles dans ces situations délicates : construction de représentations réduites (variables collectives), application de biais adaptatifs, calcul de grandeurs thermodynamiques... mais aussi, parfois, de simples simulations "force brute". Je discuterai quelques applications : assemblage de peptides membranaires, transport de petite molécule par une protéine canal, modulation d’un récepteur de neurotransmetteur par un anesthésiant.

Personne à contacter : Iann Gerber